حجت‌الاسلام دکتر علی ذوعلم، رئیس پژوهشکده فرهنگ و مطالعات اجتماعی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، نیز بر این گفته فیاض مبنی بر حمایت از اصحاب فکر مهر تأیید می‌گذارد و به خبرنگار «ایران» می‌گوید: «در نگاه دینی، رشد علمی امری جدی است که جز از طریق کار جمعی، تبادل آرا و دیدگاه‌ها و مباحثات عمیق و فکری محقق نخواهد شد. اینکه تاکنون چه میزان به این موضوع پرداخته شده است جای تأمل دارد و باید از طریق پژوهش‌های واقع‌بینانه مورد بررسی قرار گیرد؛ به طوری که عوامل اجتماعی، فرهنگی، سیاسی، ساختاری و... در این زمینه بررسی شود تا بتوان زمینه‌های توسعه آزاداندیشی و نظریه‌پردازی را فراهم و موانع آن را نیز برطرف کرد و در این راستا حمایت از صاحبان نظریه و اصحاب فکر امری مقدم است»
وی سه مؤلفه را در توسعه آزاد اندیشی مؤثر می‌داند؛ «یکی از مهم‌ترین زمینه‌ها برای رشد آزاداندیشی و توسعه کرسی‌های نظریه‌پردازی، اصلاح ساز و کارها و تحول در بوروکراسی آموزشی و پژوهشی‌ای است که در حال حاضر در نظام علمی ما وجود دارد.» این در حالی است که مانع بوروکراسی حاکم بر نظام آموزشی و پژوهشی اغلب از دید سیاستگذاران علمی کشور مغفول مانده است. به اعتقاد ذوعلم، این بوروکراسی مانعی نامشهود ولی بسیار مؤثر است که با حاکم کردن شاخص‌ها و معیارهای کاملاً کمی و نیز غفلت از انگیزه‌ها، کشش‌های معنوی و ناشی از روحیه پژوهشگری موجب شده است در فضای علمی و پژوهشی ما، به کارهای کمی و بعضاً سطحی روی آورده شود. در حالی‌که مسائل مهم جامعه –بویژه در عرصه مباحث اجتماعی، تربیتی و معنوی- پیچیدگی‌های خاصی وجود دارد که تنها با کار علمی عمیق و دشوار می‌توان در طریق حل آنها گام نهاد.
بنابراین شناخت ابعاد و زوایای این بوروکراسی و نقد آن، همچنین عزم راسخ برای تحول در این بوروکراسی و اصلاح آن، موضوع مهمی است که باید مورد توجه قرار گیرد؛ اما متأسفانه از آنجایی که خود این مسأله هم دارای پیچیدگی‌های خاصی است، ممکن است اساساً کمتر انگیزه‌‌ای وجود داشته باشد که سراغ آن رفته و به آن بپردازیم. رئیس پژوهشکده فرهنگ و مطالعات اجتماعی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی مؤلفه دوم را به ضعف مدیریت نهادهای پژوهشی، علمی و آموزشی مربوط می‌داند و اینکه مدیریت این نهادها نیز از آن توانمندی عمیق و بویژه سعه‌صدری که مورد نیاز توسعه مقوله آزاد اندیشی و نظریه‌پردازی است کمتر برخوردار هستند؛ وی تصریح می‌کند: «البته ممکن است برخی از مدیران عالی ما تمایل به اشاعه این مقوله و حمایت از آن داشته باشند و حتی بر آن تأکید هم بگذارند؛ اما این تأکیدات و حمایت‌ها تا زمانی که با روحیه و فرهنگ مدیریتی متناسب با خود همراه نشود، نمی‌تواند اثربخش باشد. به عنوان مثال، تا زمانی که رئیس یک مرکز آموزشی یا پژوهشی ما سعه‌صدر برای نقدپذیری و مشارکت‌پذیری همکاران علمی خود در هدایت آن مجموعه را نداشته باشد، از آن حداقل اخلاق علمی و توانمندی معنوی لازم برخوردار نخواهد بود؛ به گونه‌ای که بتواند در آن فضا به برگزاری کرسی‌های آزاد اندیشی، نظریه‌پردازی و شکل‌گیری مباحثات علمی جدی تن دهد.» در نتیجه اگر آستانه نقدپذیری در مدیران علمی ما محدود باشد، مانعی جدی بر سر راه آزاد اندیشی خواهیم داشت.
در بیان مؤلفه سوم، ذوعلم نگاه حاکمیتی صرف و از بالا به پایین به مقوله علم را مطرح و نقد می‌کند. وی با اظهار اینکه هر فردی در نظام علمی کشور ما - چه در حوزه‌های علمیه، دانشگاه‌ها، و پژوهشگاه‌ها - می‌تواند به فهمی از این مسائل رسیده و به نوبه خود در آن نقش ایفا کند، می‌افزاید: «نظریه‌پردازی‌های کلان زمانی شکل می‌گیرد که ما در سطح میانی، زمینه اظهار نظر، بحث و گفت‌وگو را فراهم کرده باشیم؛ آزاد اندیشی زمانی در سطح ملی و کلان توسعه پیدا می‌کند که در سطح یک کلاس درس نیز مجالی برای اظهار نظر، پیشنهاد و مشارکت فکری فراهم باشد.»